Lørdag den 1. april 2006 blev Banegårdspladsen lukket for trafik i de næste to år. Efterladte og herreløse cykler blev fjernet, og den kommende byggeplads hegnet sikkert inde, så ingen af de dagligt cirka 100.000 passagerer og besøgende forvilder sig ind til medarbejderne fra Pihl og Aarsleff.

Dermed begyndte den mere tunge del af renoveringen. Hovedbanegården er bygget som en bro henover de 12 spor. Selve brodækket på Banegårdspladsen og parallelgadebroerne ned langs Hotel Astoria og Hotel Plaza skal udskiftes, og de bærende bjælker skal renoveres. Pladsen nyindrettes med blandt andet en ny granitbelægning. Brodækket under Banegårdshallen bliver renoveret og forstærket med en ny stålkonstruktion.

I alt skal konsortiet renovere cirka 21.700 kvadratmeter flade på over- og undersiden af Banegårdspladsen og banegårdshallen.

Til sommer begynder ombygningen af perron 2 og 3, som skal sænkes og forlænges ind under Hovedbanegården.